Conform de richtlijnen van de PKN kent de Protestante Gemeente Leidschendam diverse organisatieonderdelen, zoals de kerkenraad, het college van Kerkrentmeesters en de diaconie. De mensen die hierin actief zijn houden zich bezig met het dagelijkse organisatorische zaken van de kerk.
De Protestantse Gemeente Leidschendam kent de volgende organisatieonderdelen.
Daarnaast zijn er diverse (werk)groepen actief die bijvoorbeeld zorgen voor de muziek, het kerkblad, etc. Klik hier voor een overzicht van deze groepen.